L'attuale Palazzo Starita sorge fra Piazza Mercantile, anticamente centro dei mercanti e della vita civile e sociale della comunità, e la moderna piazza del Ferrarese delineata nelle forme attuali solo dopo la demolizione delle mura. In epoca medioevale quest'area era residuale rispetto alla vita attiva della città. C'erano strutture destinate alla difesa del porto con deposito delle polveri, stalle e ricoveri per la guarnigione, spazi per esercitazioni militari.

A ridosso di queste aree trova spazio il palazzo del Sedile, costruzione pubblica per le adunanze civili e giudiziarie costruito intorno al 1543 da Nicolantonio Bonafede di Acquaviva. Cuore pulsante della vita cittadina, affacciato sulla piazza del commercio, aveva una forma molto diversa da quella che conosciamo oggi.

Il palazzo Starita prenderà la forma unitaria attuale solo dopo il 1700 a seguito di importanti stravolgimenti del tessuto urbano.

Nel 1601 a causa di un incendio in un edificio vicino, ci fu l'esplosione della polveriera che provocò decine di morti e danneggiò irreparabilmente il palazzo del Sedile: in quella occasione fu ridefinito l'assetto edilizio di questa parte della città. Infatti, nel 1602 fu restaurato il palazzo del Sedile che tuttavia non tornerà mai al precedente assetto: nel 1604 fu realizzata la torre dell'orologio in uno agli interventi di consolidamento statico.

Furono anche realizzate nuove fabbriche sul sedime di quello che diverrà palazzo Starita con alcuni elementi architettonici risalenti alla metà del XVII secolo e tuttora presenti nell'edificio quali il portale di accesso di scuola Fanzeghiana su via Venezia, la scala nell'angolo Nord-Ovest con annesso ingresso ora inglobato in una chiostrina interna. Sono ancora riconoscibili le forme degli antichi "stalloni" della guarnigione. In questa epoca il palazzo era frammentato fra diverse proprietà con accessi laterali dalla muraglia o dalla Piazza Mercantile.

Nel 1612 ci fu l'apertura della Porta di Mare (corrispondente alle tracce presenti in Piazza del Ferrarese) che costituisce un nuovo importante collegamento tra la città murata ed il territorio dando nuovo respiro alla attuale piazza. La nuova importanza data a questa area la renderà appetibile il palazzo per i mercanti ferraresi che lo acquisteranno e lo trasformeranno radicalmente durante il '700.